例えば、税関は数年に一度過去の輸出入について調査を行います。
これを事後調査といいますが、正しく申告されていたかを１、２年分纏めて調査します。

その調査により関税の不足額を税関が発見することを「更正予知」といいます。

「更正予知」を条文では「更正があるべきことを予知」といいます。

今回はその逆ですから、

税関が調査により不足等の誤りを発見したことがきっかけで行われた修正申告ではないということです。

通常、税関は調査により誤りを発見すると輸入者が自ら修正申告をするように指示します。

そして、そのようにして行われた修正申告の場合には過少申告加算税が課されることになります。

それに対して、「更正があるべきことを予知せずにした修正申告」というのは、修正申告のきっかけが、税関が調査により誤りを発見して税関の指示により修正申告をしたものではないということです。

さらに説明すると、税関が調査を行う場合には、輸入者に対して事前に連絡をします。

その理由は税関としてもスムーズに調査を行う必要があるため、事前に連絡して書類などを準備するように促すためです。

税関からの調査の通知もなく、税関が調査により誤りを発見したものでもない状況で、輸入者が自らすすんで修正申告をすると過少申告加算税は課されないということが、この条文の全体の意味になります。